在《一个在上吃一个在下面敷面膜》中，结合即时战略和回合制RPG元素的战斗系统提供了独特的游戏体验。玩家可以组建自己的小队，通过绘制行进路线在大地图上移动单位。该系统的一个亮点是允许玩家随时暂停游戏，调整小队前往新的目标或位置。
战斗触发时，过程自动进行，无需玩家逐一指挥单位的具体行动。过场动画的选择提供了战斗结果的可视解释，帮助玩家理解胜负原因，优化战术布局。尽管战斗的胜利依赖于单位的实力和装备，单位的技能及其触发条件的设定也发挥着重要的作用。
技能系统分为主动技能和被动技能。主动技能包括攻击和法术，而被动技能则涉及防御、反击等。技能的有效运用与小队的阵型安排紧密相关，鼓励玩家在配置时展现创意。例如，将盗贼置于前线利用其高闪避率，而骑士则在后方进行攻击。
游戏的难度设置从“普通”到“专家”不等，挑战性逐级提升。在“专家”难度下，深入理解并应用战斗系统很重要。《一个在上吃一个在下面敷面膜》还包括一个线上竞技场模式，允许玩家挑战全球对手，是测试和提升战斗技巧的绝佳场所。
